通常在線水質檢測儀所需的主要維護是清洗取樣管道和取樣艙。

一般清洗這些部位的簡單方法是加大閥門的開度，提高樣水的流速，或者打開安裝在取樣管路上的反沖洗管路的閥門，也可以進行清洗。

但在清洗原水、模擬斜管、沉淀水儀表的取樣艙時，僅用這種方法是不可能完成清洗的，更多的是需要直接清洗取樣艙和探頭。

另外，在維護某些型號的余氯檢測儀時，由于取樣艙中裝有保持電極表面不被氧化的石英砂，因此還需要注意取樣艙中存余石英砂的數量。

此外，在整個清洗過程中，應注意操作規范，避免因操作不規范而損壞儀器。

清洗在線水質檢測儀時，也要把握好清洗周期。根據不同的情況，應根據實際情況定期對多功能水質檢測儀進行清洗，避免因清洗不及時而導致多功能水質檢測儀的使用出現誤差。