養殖廢水隨雨水直接排放或沖入江河、湖泊、水庫，消耗大量水體中的溶解氧，使水體發黑發臭，造成水體污染。養殖場糞便的排放對地表水、地下水、土壤和環境空氣造成嚴重污染，直接影響人們的健康，未經處理的糞便中含有大量污染物。

養殖污水長期滲入地下，增加了地下水中硝態氮或亞硝態氮的濃度，降低了地下水中的溶解氧含量，增加了有毒成分，導致水質惡化，嚴重危及周圍生活用水的質量。高濃度污水還會導致土壤孔隙堵塞，導致土壤透氣性和透水性降低，以及板結和鹽漬化，嚴重降低土壤質量，甚至危害農作物，導致農作物生長受阻或死亡。

糞便污水中含有大量的氮、磷等營養物質，是水體富營養化的重要原因之一。排入魚塘和河流會逐漸殺死對有機物污染敏感的水生生物。在嚴重的情況下，魚塘和河流將喪失使用功能。

目前，國家不斷加大環境污染整治力度，地方上也加強了養殖污水處理設施建設。但由于運營成本高，往往建成后閑置不用，造成資源浪費和環境污染問題仍未得到妥善解決。針對這些問題，綜合考慮養殖場的治污投資能力和區域特點，研究采用適合不同區域的經濟高效的污水處理工藝。目前也有許多成功的厭氧處理、好氧處理和自然凈化處理工藝。將工業化污水處理與天然生物處理、好氧與厭氧處理有機結合，達到處理效果。